對於這場戰爭, 明朝不能說沒有準備, 但也稱不上籌備周全。
早在萬曆七年, 朝廷就開始陸陸續續往朝鮮派細作, 這些細作大部分是以商人的面目在朝鮮境內活躍，他們本身確實也從事朝鮮與大明之間的人參交易, 私底下還要向朝廷這邊的接口人定時匯報情況。
只不過這種準備畢竟時間尚短, 而且無論是趙肅對於歷史的認知, 還是武將們從軍事上的考量, 都一致覺得在短期之內, 日本是不可能侵犯朝鮮的。
然而這種判斷畢竟還是失誤了，等到明朝反應過來的時候，朝鮮八道幾乎已經全部失去，僅僅留下靠近遼東半島，也就是明朝和朝鮮邊境的義州一帶，還沒淪陷。
對於究竟派不派兵援助朝鮮，朝廷是分為幾派的。
以戚繼光為首的武官竭力主張立即出兵，而張四維一派，則提議再觀望一陣, 等到朝鮮王朝徹底不行了，再出兵，以謀取最大的利益。張四維等人的想法, 不能說是畏戰, 因為以眼下的情況來看, 朝中許多人懷疑朝鮮早已與日本勾結, 在私底下達成協議，讓日本取道朝鮮，直指明朝，否則何以解釋朝鮮這麼一個不算小的國家，卻淪陷得如此之快？
趙肅雖然在南方，但幾乎是朝廷收到奏報的第十天，他這裡也見到了京城裡派出的特使，從來者口中得知情況，又連夜寫好奏折，讓人快馬回去，呈稟御前。
他在奏折裡面說得很明白，不管朝日是否同謀，日本最終的目的都是明朝，臥榻之側不容他人鼾睡，如果明朝不及時出兵加以震懾，等到日本真的打過義州，來到遼東，再想趕人，就不是那麼容易了，而且遼東局勢複雜，韃靼、女真，乃至再北面的羅剎國，都不乏對大明邊境虎視眈眈的，一旦給予他們和日本聯合的機會，為時晚矣。
事實上，就算他不說，朱翊鈞本也是打算要出兵的，但趙肅的奏折，無疑對於安定人心，統一思想有不小的作用。不說他多年積累的人脈，和諸多武將原本就較為傾向趙肅，單論皇帝將他的折子拎出來，在朝議時命內侍宣讀，就蘊含了惹人遐想的豐富內涵。——張居正死後，首輔人選遲遲未定，皇帝這是想召趙肅回來的徵兆？
六月下旬，朝廷下令出兵，遼東副總兵賀子重率五千騎兵攜帶火銃先行渡江入平壤，隨後由遼東巡撫坐鎮，總兵祖承訓親自率兵馳援，卻在平壤城外的慈山遇伏，祖承訓所帶幾千兵馬悉數戰死，唯有總兵在左右拚死護衛下僅以身免，逃回遼東，至此，賀子重所率的數千兵馬也失去聯繫，戰報傳回北京，朝野震動。
在戰前，無論是百官，還是普通百姓，甚至是皇帝本人，都認為大明軍隊理所當然是要勝利的，這場戰役是毫無懸念的，這種想法同樣影響了前方將領，讓他們很快付出代價，數千兵馬的損失，連同賀子重那幾千人的失蹤，足以讓許多人清醒過來，重新正視這場戰爭。
沒錯，日本是撮爾小國，但是豐臣秀吉為了打贏這場仗，可謂傾舉國之力，豐臣秀吉麾下的名將幾乎全部出動，各地大名們的兵馬也都被集結起來，十來萬的兵力，分水陸兩軍，齊頭並進，有條不紊，計劃詳盡。而且，他們已經佔領了朝鮮的絕大部分地區，明軍進攻時，又是陰雨連綿，在這種對方佔盡了天時地利人和的情況下，輕敵是最致命的打擊。
無論京城那邊作何反應，當申時行奉帝命日夜兼程南下之時，趙肅與吳維良二人正面對面盤膝而坐，品茶長談。
吳維良問：「大人當真決議要進京？」
趙肅頷首：「前方有戰事，兵部且不說，糧草需要戶部，人員調動需要吏部，軍械需要工部，就連如何與朝鮮倭國交涉，也需要禮部的運作，如此一來，加上國內日常政務，六部現在只怕沒有一個人能睡一個安穩覺，我此番去到那裡，即便幫不上大忙，也好幫幫小忙。」
首戰失利的消息傳來之後，他就有些坐不住了。
歷史上的「萬曆三大征」，寧夏之役，播州之役，以及這場朝鮮戰役，就是導致明朝中興失敗，由盛轉衰的罪魁禍首，如今歷史改變，寧夏和播州暫時還算平靜，並沒有發生戰亂的徵兆，但日本進攻朝鮮卻大大提前，這不得不讓人懸心。
理智告訴他，如今的朱翊鈞不是那個萬曆皇帝，國庫遠比歷史上的萬曆二十年要充盈，張居正雖然死了，朝中也沒出太大的亂子，如戚繼光這樣的名將也成為兵部尚書坐鎮指揮，所以戰爭的結果是可以預料的，沒什麼好擔心的。但是每當想到賀子重失蹤，很可能遭遇不測，而遠在京城的皇帝也很有可能日以繼夜研究戰略，批閱奏折，以至於廢寢忘食時，他就按捺不住想回京的念頭。
縱然再多的淡定和沉穩，也在「關心則亂」這四個字面前土崩瓦解。
「大人，正所謂名正言順，師出有名。如今陛下沒有詔命，在此時上京，只怕氣勢上就落了下乘，如果有皇命而風光進京，即便將來重新入閣，也無人敢置喙。」吳維良皺著眉，從利益的角度上幫他分析。
趙肅道：「如果我沒料錯，陛下派出的使者，該在這三五日內就到了。」
吳維良奇道：「我與大人相交多年，竟不知您會神算？」
趙肅哈哈一笑：「是與不是，你且看看。只不過我連三五日也等不得了，國家有難，當盡匹夫之責，事不宜遲，我已經讓他們去收拾行囊了，等酉時一過，就星夜出發。」
「也罷！」吳維良歎息，「原先我是料定此戰必勝的，現在卻有些吃不準了，如果再輸下去，只怕倭人就要打過鴨綠江了。」
他這種想法，其實也是現在很多人的想法，在明朝軍隊還沒出發之前，朝野上下一致認為這場戰役不費吹灰之力，就能揚我大明國威，然而等到賀子重失蹤，祖承訓戰敗的消息傳來，眾人在震驚之餘，信心也開始搖擺，甚至有人提出與倭國訂下和約，默認他們佔領朝鮮。當然，這個人直接被朱翊鈞罷免，回家吃自己去了。
「不會。」趙肅擺手：「依我說，小敗不僅無害，反而有益。」
「為何？」
「一直以來，韃靼犯邊，只是小打小鬧，最近幾年朝廷連戰連勝，以至於韃靼不敢再犯，究其根源，是軍隊火力和士兵素質的提高，而非戰術上有所長進，如今倭國來犯，他們傾一國之兵力，只許勝不許敗，從戰意上來說，已經強過我們，正該有此小敗，才能讓我方軍隊正視錯誤，所以有益而無害。」
他頓了頓，續道：「我現在只是擔心子重和陛下，一個生死不明，希望他能吉人天相，一個現在想必忙得連個囫圇覺都不能睡了。」
吳維良也跟著歎了口氣，正想說什麼，卻聽見門外有人來報，說京城來了人，管家趙吉迎出正門了。
趙府裡現在三天兩頭都有京城來使，其中不乏有品秩的官員，趙家的下人也淡定了，只是這回趙吉親自接待，可見來人官職不低。
趙吳二人出了書房，直接往前廳而去，很快便見到正在前廳磚石上略顯焦躁地來回踱步的申時行。
「汝默！」
申時行抬起頭，驚喜道：「少雍！」
趙肅哈哈一笑，大步上前，一貫謹守禮法的申時行竟激動地與他相擁。
「可想死我了！」書生模樣的申時行難得用力拍了拍趙肅的背，一面唸唸叨叨：「京城裡風起雲湧的，事情一波接著一波，我們跟著擔驚受怕，你倒好了，躲在這裡享清福，倒似年輕了幾歲！」
聽了他的抱怨，趙肅不覺彆扭，反覺親切，攬了他的肩膀分頭坐下：「所以你這是棄了烏紗帽跑來投奔於我了？」
「我倒是想，哪能呢！」申時行苦笑：「我這是奉了皇命而來的，日夜兼程，十萬火急，這把骨頭差點沒散了架。」
一聽到十萬火急，趙肅斂了笑，肅容道：「陛下可有旨意？」
「有倒是有，不過是手諭，讓你不必跪接。」申時行從袖中摸出手諭，遞給他。「陛下讓我請你即刻啟程返京，聽陛下的意思，是要讓你直接入閣為首輔的。」
這倒真的是掐指一算，心有靈犀了，這才剛說，轉眼就應了驗，吳維良想道，一邊笑著拱手：「恭喜大人了！」
趙肅也不廢話，點點頭便道：「那你歇息會兒吧，我們酉時就出發，我讓人去喊薛夏他們。」
正說著這話，就見外頭有人大步流星走了進來，仔細一看，就是滿頭大汗，神色凝重的薛夏。「大人，大事不好！」
「何事？」趙肅沉聲道。
薛夏也瞧見了申時行，卻顧不上與他見禮了。「福州來報，說海壇島被紅夷船艦佔了，如今就停在島外，楊汝輔說海壇島離長樂縣不遠，讓我趕緊過來護送您走！」
自明朝洪武年間禁海之後，海壇島上原先的居民就被遷往內地，後來前些年開放海禁，上面才又陸陸續續有人遷過去耕種，但不過數年時間，現在也還比較荒蕪，所以軍隊巡視一般也很少從那裡經過。
之前趙肅還沒離京的時候，曾經就南方的局勢與皇帝和內閣都有過仔細研究，濠境目前被葡萄牙人佔著，荷蘭人覬覦濠境，要麼直接出兵攻打濠境，跟葡萄牙人搶，要麼走迂迴路線，先佔領廣東沿海的某個地區，再以此為據點攻打濠境，後者的難度顯然更大，但朝廷為防萬一，還是命水師嚴加防守，但他們沒想到，如今荷蘭人竟然繞過廣東，直接就往福建來了。
趙肅皺眉：「是不是這裡頭有倭人從中作梗？」
申時行急得不行：「不管有沒有倭人，現在不是想這個的時候，你趕緊與我離開此地，直接上京吧，趙府的家眷，讓薛大人護送著先往福州避一避！」
薛夏點頭：「大人放心，一切有我！」
吳維良也道：「大人，事不宜遲，趕緊出發吧，我去讓縣令疏散百姓！」
趙肅搖搖頭：「我不去京城了。」
其餘三人一愣，申時行跺腳：「少雍，勿要說笑了！」