入仕後的年羹堯，仕途之路可謂順風順水。在此，我們大致羅列一下他的陞遷路徑。康熙三十九年，二十一歲的年羹堯考中進士，當年五月，他被選為翰林院庶吉士，進入翰林院學習。三年後，即康熙四十二年（1703）四月，年羹堯順利通過翰林院的散館考試，「博士後出站」，成功「留館」，任職翰林院檢討，是從七品官。實際上，那一科的散館考試合格率很低，四十多名庶吉士中只有十人考試合格，其餘或降歸普通進士班中候選，或仍然在庶吉士班中延期學習，可見年羹堯在其中亦屬佼佼者。兩年後的康熙四十四年（1705）五月，年羹堯以翰林院檢討的身份，作為欽差，擔任四川鄉試主考官。當時的四川由於受到明清之際戰爭的破壞，人口萎縮、經濟凋敝、文氣不振，在全國範圍的科舉考試中重要性不強。即便如此，年羹堯能在二十六七歲的年紀就主持一省鄉試，成為眾舉人的「座師」，也是得意之事。回京後，年羹堯很快在翰林院內進行職務升轉，先後擔任了正六品的侍讀與從四品的侍講學士。康熙四十七年（1708），又以侍講學士身份擔任廣東鄉試正考官。一年後，升任正三品的內閣學士，並加禮部侍郎銜，可謂「春風得意」。
年羹堯的宦途順遂，體現了清代翰林在仕宦上的突出優越性。清人朱克敬在其《翰林儀品記》中寫道：
國朝仕路，以科目為正，科目尤重翰林。卜相非翰林不予，大臣飾終必以翰林乃得謚「文」。他官敘資，亦必先翰林。翰林入值兩書房，上書房侍王子讀，南書房職擬御纂筆札。及為講官，遷詹事府，人尤貴之。其次主考、督學。遷詹事府必由左右春坊，謂之開坊，則不外用。其考御史及清秘堂辦事者，年滿則授知府。翰林賤之，謂之鑽狗洞。
意思是說，清朝當代的仕途，科舉中進士最是正路，中進士後又以選入翰林院最有前途。只有起家翰林，才有可能最終成為內閣大學士；只有翰林起家的大臣，死後的謚號才能冠以「文」字（其實也不絕對是這樣）。翰林可以入值上書房、南書房，擔任主考、督學，在詹事府開坊後就越發清貴。如果起家翰林，後來改任御史，甚至外放知府，那就太糟糕了，被稱為「鑽狗洞」。
翰林院編製少、級別高，升轉很快；直接和皇帝打交道，有被破格提拔的機會；工作清閒務虛，沒有什麼錯誤可犯。除了清貧一些、少有灰色收入外，是最好的仕途起點。明清時期向來有「非翰林不入內閣」的說法。也就是說，如果一個讀書人能夠以翰林起家，就有了當到一二品高官，甚至首輔大臣的指望。
除了庶吉士留館這樣的高起點外，年羹堯在入仕之初的十年內，還經歷了數次超擢，即破格提拔——畢竟與他資歷完全相同、政治資源還更好一些的張廷玉直到康熙五十五年（1716）才當上內閣學士，而年羹堯提前七年就達到了這個高度。只是年羹堯當時品級較低，破格原因未能見諸史書而已。總而言之，不到三十歲的年羹堯，是康熙皇帝心目中名副其實的「社稷臣」培養對象。
康熙四十八年，是一個對年羹堯而言特別重要的年份。年初，他任職內閣學士、禮部侍郎。三月，康熙帝復立太子後，年羹堯又作為副使，赴屬國朝鮮向其國王及臣民宣示此事。朝鮮官方史料對於明清時期敕使入朝的記載向來系統全面，年羹堯有機會出使朝鮮，算是瞎貓碰見死耗子，為自己留下了很多活潑生動的歷史八卦記載。比如他人還沒到朝鮮，負責接待工作的朝鮮官員就向國王飛馬快報，說來的這位年副使「不食四足之肉，所食不過鵝鴨海參等物」，要馬上吩咐開成府、黃海道準備接待食材，等等。
從朝鮮回京後，年羹堯又在當年九月結束了京官生涯，出任四川巡撫。前文已經提到，由於戰爭原因，四川在康熙年間是個百廢待興之地，很適合年輕氣盛者大展拳腳，幹出一番事業。
在清代，巡撫的主要職責是處理一省民政，但年羹堯這個新巡撫一到四川，就產生了鍛煉軍事才能的追求。一方面，四川地接漢藏，多民族雜居，既是清軍控御青海和碩特蒙古、西藏達賴喇嘛兩大勢力的橋頭堡，又時常要對付省內和鄰省各部落土司的小規模武裝侵擾，對敵鬥爭形勢嚴峻。
另一方面，明清之際，四川戰亂頻仍，人口損失極其嚴重。康熙年間，清政府在四川省出台稅收優惠政策，大量招徠外來移民開墾荒蕪土地。所謂「湖廣填四川」，描述的就是這一時期的大規模移民活動。前來四川開荒的移民中，大多是較貧困的青壯年單身男子，是以省內性別比例嚴重失衡，一時土匪橫行，社會治安壓力極大。為了解決四川的這個問題，清廷一度將從貴州買賣少數民族婦女到四川的活動合法化，可見其嚴重程度。
康熙中期，對四川軍事活動負有最高責任的是川陝總督，其官署所在地是陝西西安，而非四川境內，特別是距離經常出問題的四川西部較遠，交通又十分不便。除川陝總督外，駐紮成都的四川提督負責統領本省綠營兵，是重要武官。但年羹堯上任之初，川省身經百戰、功勳卓著的老提督岳升龍（岳飛後裔、年羹堯後來的主要助手和繼任者岳鍾琪之父）就雙目失明，並且因為經濟問題戴罪在家，繼任的提督才德不及，難以勝任川省軍務。
在這種情況下，年輕氣盛的年羹堯上任巡撫伊始，就躍躍欲試，並上書與康熙皇帝討論四川的山川形勢、民族問題以及兵備事務，甚至直接插手軍事活動。如康熙五十五年，位於今天涼山地區的四川建昌鎮「番蠻」在交通要道上搶掠客商，甚至傷及官兵。年羹堯以主管當地軍務的建昌鎮總兵年老、「營務廢弛，平時既不能彈壓，臨事又漫無成算」為由，親自帶兵進入深山密林之中，清剿鎮壓。年羹堯這類年輕氣盛的舉動，使他與自己的頂頭上司、川陝總督殷泰的關係搞得很僵，要不是康熙皇帝始終對他偏愛維護，恐怕早就官帽不保了。
到康熙五十六年（1717），清王朝的戰略形勢發生很大變化，這一變化給年羹堯帶來由文轉武的發展契機。那一年，清廷的老對手——蒙古準噶爾部首領策妄阿拉布坦率軍入侵西藏，攻佔拉薩，試圖控制達賴喇嘛，進而影響整個蒙藏地區，這一舉動嚴重觸犯了康熙皇帝的底線。次年春天，清廷出動大軍，欲與准部一戰，奪回西藏的控制權。康熙五十七年（1718）閏八月，康熙皇帝任命皇十四子胤禵為撫遠大將軍，率軍西進，調兵遣將，一場抗准援藏的大規模戰爭爆發在即。
鑒於四川提督康泰出師不利，身為巡撫的年羹堯向康熙皇帝請纓，帶領本省綠營兵赴由川入藏的前沿重鎮松潘料理軍務，又主動向藏區派出諜報人員，打探蒙藏地區各方消息。更重要的是，他積極肩負起在四川全省籌備糧餉的重任，全力支援大軍。康熙五十九年（1720）初，清軍由青海、川滇兩路向西藏進軍，一路報捷。同年底，清除西藏的准部勢力，成功護送六世達賴至拉薩完成坐床儀式。在這一過程中，康熙帝對年羹堯的表現極為滿意，信任程度與日俱增。
趁著這個機會，年羹堯上書康熙，說：「竊惟川省營伍之弊，久在聖明洞見……無如積習難移。督臣遠在西安，鞭長莫及，臣與各鎮原無節制之責，而將、備各官惟視提鎮之意指以為從違，必欲悉除痼疾，將鎮、協各營整頓一新，非假臣以虛銜不能也。伏乞聖主暫加臣以總督虛銜，並求賜以孔雀翎子，令臣節制各鎮，一年以後，營伍必當改觀。俟兵馬事竣，臣即奏繳虛銜，不敢久於忝竊。」大概意思是說：四川綠營如今腐敗透頂，皇上您是很瞭解的。然而總督遠在西安，難以管理，臣作為巡撫，與綠營各部沒有統轄關係，我一肚子的整頓之策，卻沒有機會施展。皇上您要是想讓川省軍務煥然一新，除了給我一個總督的頭銜，賜給我像征軍功榮譽的孔雀翎，就再也沒有第二個辦法啦！當然了，我問您要這個虛銜是很過分的要求，等仗打完了，您再把這個頭銜拿回去，我也不敢戀棧。
面對年羹堯這樣明目張膽地跑官要官，康熙皇帝立刻拍板，晉陞年羹堯為四川總督，主持四川全省兵民二政！當然，康熙六十年（1721）入藏戰爭勝利後，康熙不但沒將年羹堯四川總督的任命收回，還令年僅四十二歲的他兼轄川、陝兩省，成為川陝總督，並擔任大將軍胤禵的後勤部長和重要軍事助手。
除了軍事活動外，在西部經營十餘年的年羹堯對當地的吏治民生也多有作為。如撫川之初，即上奏《川省應行事宜七條折》，提出有司宜勸懲、積貯宜預備、錢法宜流通、復設鋪司以便遞送公文、復設州縣以期有濟民生、改衛所為州縣以化邊徼風俗、銀礦開採宜奏明等改革意見。康熙六十年，年羹堯又向康熙皇帝提出「耗羨歸公」的建議，即在事實上認定州縣官在正稅之外加派給百姓的「火耗」為合法，但限定其比例，以免基層官員橫徵暴斂，無限度坑害百姓。再將這筆收入上解省城，充作公用，彌補戰爭造成的府庫虧空。年羹堯的這個建議，沒有被老年康熙接受，卻與雍正即位以後的做法不謀而合。
總而言之，到康熙末年，年羹堯已經成為朝中最年輕、最重要、最受皇帝信任的封疆大吏。這更多的是他憑借個人出眾的政治、軍事能力取得的成就，而與他和雍親王胤禛的主屬、郎舅關係無關。換言之，雍正帝即位之後，年羹堯年紀雖輕，但其身份更傾向於先帝老臣，而非新朝新貴。更何況，除了雍親王外，年羹堯靠著岳祖父明珠這條線，還與多位皇子有所交往，這委實不能不讓本來孤立的胤禛帶醋含酸。