開創鐮倉幕府
籐原泰衡殺義經的目的是為了自保，他以為只要交出義經，源賴朝就沒有對奧州動兵的口實。他沒想過如果義經還在，源賴朝還會對奧州顧忌三分，現在義經一死，源賴朝再不猶豫，出動號稱二十八萬的大軍，向奧州發動了猛烈進攻。短短一個月之內，奧州籐原氏四代基業土崩瓦解。日本國北部的六郡全部被平定，歸入賴朝帳下。
隨著奧州被平定，自治承四年源賴朝起兵討伐平氏以來，延續十年的日本戰亂宣告結束。源賴朝成為最後的贏家，他的鐮倉政權也成了全國的武家中心。
建久元年（1190年），源賴朝率軍進京，住進了當年平清盛在京城的住所六波羅邸。源賴朝入京有兩大目的，第一是炫耀武力，第二是希望撈取政治資本，進一步鞏固鐮倉政權。
可是朝廷不好對付，特別是老奸巨滑、被源賴朝稱為日本第一大天狗的後白河法皇，他希望能夠把武士集團牢牢控制在自己手裡。源賴朝希望得到征夷大將軍的封號，但是後白河法皇偏偏不給他，而是授予源賴朝權大納言兼右近衛大將的官職。雖然右近衛大將是日本律令制下的武官最高職務，但是還得受兵部卿的管轄，而征夷大將軍是非常設的令外官，只有國家有兵事的時候，才會任命征夷大將軍統帥軍隊。源賴朝想當征夷大將軍，就是要剝奪朝廷的兵權。法皇非常聰明，堅決要把源賴朝限制在體制內，不能讓他到體制外胡作非為。
源賴朝出任了權大納言兼右近衛大將不足一個月就宣佈辭官，表示自己不願意在體制內混，要另立山頭，準備單干。朝廷沒辦法，只好封源賴朝為天下總追捕使，賦予他維持天下治安的權力。源賴朝得到這個官職之後還不滿足，但是他的特點就是能忍耐。他對當時的攝政九條兼實說：「等到法皇萬歲之後，就該你我共同掌握政權了。」
建久三年（1192年），源賴朝最頭疼的政敵後白河法皇駕崩，時年六十六歲。他一死，在朝中親鐮倉派的運作下，朝廷正式任命源賴朝為征夷大將軍。鐮倉幕府隆重成立。
鐮倉幕府是日本第一個幕府政權，源賴朝是鐮倉幕府的開創者，也就成為日本幕府政權的開創者。
鐮倉幕府下屬的武士被稱為御家人，御家人們稱呼源賴朝為鐮倉殿。幕府設立三大機構：侍所，管理全國的御家人，行使治安權；公文所，處理政務和財政；問住所，管理刑事訴訟。
源賴朝建立了一個完全不同於平家政權的武家政權，拋棄昔日朝廷的公家體系，另起爐灶。這在日本歷史上是開天闢地的頭一回。
可惜，源賴朝當上將軍之後沒幾年就死了，而且死得非常蹊蹺。
為他人做嫁衣裳
源賴朝為人刻薄寡恩，凡是可能對他構成威脅的人都難逃他的毒手。
源賴朝的弟弟們基本上凋零殆盡，只有四弟源范賴一直對他小心翼翼、忠心耿耿，極盡諂媚之能事。但有一次賴朝外出打獵，遇到了襲擊，部下兩個人替他送了命。消息傳到鐮倉，誤傳成賴朝身死，賴朝的夫人北條政子十分驚慌。這個時候源范賴說了一句：「不要害怕，有范賴在。」其實這句話是好意，意思說我罩著你，你別害怕。
等到源賴朝一回來，認為源范賴此話暗含奪權之意，怎麼著？我死了，有你在？你想奪權是吧？開始對范賴起了疑心。范賴這個時候也不能犯賴了，據說寫了一千張悔過狀，向哥哥表示自己的悔過之情。但是哥哥仍然不依不饒，可憐源范賴因為一句話，前功盡毀，被逼無奈，只好自盡了。
源賴朝對兄弟們這麼刻薄，自己也沒得到好下場。1199年，他在一次騎馬的時候，墜馬身死。源賴朝之死，在日本歷史上也是一個謎。他的死因有各種說法，有人認為他是被害死的。
源賴朝死後，他的兩個兒子，長子賴家和次子實朝相繼繼位，兩個人也都沒得到好下場。二代將軍賴家，妻子家和母親家發生了爭執，以致賴家被殺，死的時候只有二十三歲。三代將軍實朝，作為賴家的弟弟繼位，被賴家的次子、也就是賴朝的孫子公曉殺害。公曉殺了實朝之後的第二天，也被殺害了。源賴家的其他三個兒子也都先後非正常死亡。而三代將軍實朝並沒有生下一男半女。
源家三代將軍在位一共二十七年，鐮倉幕府創立者源賴朝的男系血統就此全部滅絕。即便從旁系血統上來看，適合擔任將軍職位的人一個也沒有了。從此，鐮倉幕府的將軍一職只能從京都迎請公卿貴族甚至由皇族來擔任。但是將軍也被架空，不掌實權，跟天皇一樣，由源氏的外戚北條一族擔任幕府的執權，成了幕府實際上的領導者。
源賴朝辛苦半生，為他人做了嫁衣裳，最後政權落入岳父一族手中。源家太能自相殘殺了，平家滅亡是戰死在疆場上，源家滅亡卻是因為骨肉之爭，下場比平家更為悲慘。
上皇想奪權
鐮倉幕府第三代將軍源實朝被暗殺的消息傳到京都已經是承久元年（1219年）了，當時日本皇室實際上的當家人是後鳥羽上皇。
後鳥羽上皇接到第三代將軍被殺的消息之後，悲喜至極，百感交集。在他看來，鐮倉政權對皇室威脅很大。特別是鐮倉政權實行的守護和地頭制度，把朝廷的大權完全剝奪了。鐮倉派到京都來的守護，表面上是護衛，實際上是監視。堂堂天皇之尊，竟然受到陪臣的監視，簡直是奇恥大辱。
實朝在位的時候，跟天皇還講點兒君臣之禮，實朝一死，天皇覺得鐮倉剩下的那幫關東武士，渾身馬糞味的粗人，根本就沒法控制。這幫粗人有權有勢，有刀有兵，怎麼對付？這讓上皇很費腦筋。
後鳥羽上皇是高倉天皇的次子，是在平家政權覆滅之後，才由源氏扶持登上皇位的，也是日本第一位少了傳國神劍的天皇。他多才多藝，詩歌方面很有成就，也好耍刀弄劍。
在鐮倉幕府成立之後，他屢受鐮倉幕府的嫌棄。當時的攝政九條兼實跟鐮倉幕府一個鼻孔出氣，很讓天皇不爽。後鳥羽覺得，要想改變自己的命運，必須學習關東。因為關西的公卿貴族，包括民風都太柔弱了，不如關東武士驍勇善鬥。
為了能把權力從幕府手裡奪回來，後鳥羽帶頭示範，勤習武藝，還親手鑄造刀劍，並在上面刻上菊花紋，賞賜給隨從。從此菊花紋成了日本皇室特有的紋章，只有皇室才能用這種紋章。二次大戰時的日本軍艦上、靖國神社的大門上都有這種皇家專屬的紋章。
另外，他大量蓄養武士。除了父祖時期設立的北面武士之外，又招納了很多西面武士。他罷免了與幕府關係密切的九條兼實，大量啟用反幕府人士。可惜的是，天皇專政早已經消散在歷史的雲煙裡，天皇時代已經過去了。後鳥羽上皇不明時勢，還夢想著有朝一日天皇家能夠掌權。
實朝一死，源氏的男性血脈斷絕。當時幕府的執權北條家派人上奏天皇，要求派一位皇子東來做將軍。後鳥羽上皇沒有答應，而是派了使者去鐮倉弔喪。同時，他提出要罷免兩位鐮倉幕府的地頭。
當時，北條當家人北條義時特地派人率精兵來到京都，準備迎皇子東來做將軍。但是上皇堅持，先得罷免地頭，才給派皇子，雙方僵持不下。源賴朝的遺孀北條政子做主，讓籐原氏的後人繼位為征夷大將軍，政子夫人繼續在幕後垂簾聽政，由北條義時來輔佐這位將軍。
上皇勃然大怒，認為暴力是幕府唯一聽得懂的語言，要想讓幕府聽話，只有起兵對抗幕府。手下的公卿大臣紛紛勸阻上皇，幕府的勢力太大了，以天皇家目前的實力根本不足以對抗幕府，您千萬不能輕舉妄動。但是上皇非常堅決，他覺得長子土御門天皇才幹平平，不足以擔當討幕大業，於是強迫長子退位，讓位給次子順德天皇。為了保證順德天皇專心主管軍事，又讓順德讓位給仲恭天皇。這一下，朝廷中就出現了三位上皇，一位天皇。
當時上皇最寵幸的西面武士頭叫籐原秀康，他跟上皇拍胸脯，一定能夠討幕成功。另外，鐮倉派到京都來衛戍的武士三浦胤義也倒向了天皇一方。
陪陛下打戰玩兒
承久三年（1221年）五月，後鳥羽上皇認為時機成熟，搶先發動攻擊，把京都中親鐮倉的人一個個拘禁起來，還把幕府的代表招來囚禁斬殺。然後上皇下詔，要求五畿七道討伐幕府。
當時上皇大會諸將，問關東到底有多少人是北條義時的死黨。三浦胤義跟上皇說頂多千把號人。上皇一番比較，自己手下有兩萬人馬，覺得討伐幕府定能成功。於是派出使者攜帶詔書到鐮倉，呼籲關東豪傑起兵反抗北條氏，歸順朝廷。一時間，關東豪傑人心惶惶，畢竟朝廷佔據著道義的上風。天皇要討伐誰，誰就是朝敵。
值此幕府危急時刻，源賴朝的遺孀北條政子挺身而出，聚集關東諸將，發表了一場演說，給大家做了個戰前動員：大將軍源賴朝征伐朝敵，草創關東，你們今天能有這個官位俸祿，是賴朝公的恩惠，賴朝公對你們的恩惠比山高，情義比海深。你們是要忘記賴朝公的恩惠投靠朝廷，還是感念賴朝公的恩德在鐮倉奉公，你們今天決定吧。
大小武士聽了北條政子的一番話，無不流淚傷感，紛紛宣誓，要效忠鐮倉，跟京都決戰。
幕府派出十九萬大軍從鐮倉出發進攻京都，幕府軍總大將是北條政子的外甥北條泰時。大軍出發後，執權北條義時將上皇派來的使者放回京都給上皇回奏：臣本無罪，既然被討伐，不敢逃避。聽說陛下您好戰，我先派我兩個兒子帶領十幾萬人來，跟陛下打一打，讓陛下您瞧個樂。如果您覺得打十幾萬人不過癮，臣還準備了二十萬人，屆時臣將親自率領，陪陛下您打著玩兒。
上皇一開始還很樂觀，認為幕府內部必然會生變，關東武士一定有忠義之人背叛幕府、投效朝廷。可惜這只是他的一廂情願。雙方一接戰，上皇最信任的武士首領籐原秀康先跑了。主帥一跑，官軍中雖然還有忠勇之士，但是根本不經打，全作鳥獸散，幕府軍一路衝進了京都。
北條泰實在進攻京都的路上，接到了上皇的侍臣帶來的諭旨，意思是討幕一事不是我幹的，跟我沒關係，是臣僚所為。如果你要問罪，找臣僚問罪，千萬別騷擾我。
上皇一封詔書將自己的責任推得乾乾淨淨，也不管屬下的死活。上皇手下的大將山田重忠和三浦胤義在激戰中突圍，逃到皇城，夜叩宮門，以求庇護，上皇竟然閉門不納。氣得山田重忠敲著宮門大罵：懦主誤我！追隨上皇討幕的一干大將武士只好全部自盡了。
幕府宣佈了對皇室的處分，雖然天皇是不能殺的，但必須受到嚴懲，後鳥羽上皇、土御門上皇、順德上皇全部充軍；後鳥羽上皇的兩位皇子——雅成親王和賴仁親王也被充軍；剛剛繼位七十天的仲恭天皇被廢，由幕府另立後堀河天皇。
這就是日本歷史上著名的「承久之亂」。皇室經此變亂，尊嚴喪盡，三位上皇都充了軍，天皇被廢，雖然保全性命，但是威信無存，政治重心徹底被幕府取代。
從此日本皇室在政壇上隱退，幕府成了日本真正的政治權力中心。從此以後，即便是英明的天皇想要復辟，在老百姓的心目當中，也會認為是天皇叛逆不道，稱之為「天皇御謀叛」。
這種觀念形成以後，維持了將近六百年，一直到明治維新的時候，才有了轉變。